由於益生菌是有生命的，若貯存在室溫及空氣下，它也會慢慢的死掉。因此保存對於益生菌十分重要。目前已研發出高科技技術，可以將益生菌包埋起來，阻絕空氣的氧化，確實可以增加益生菌在室溫下貯存的存活率。但最好的辦法，還是應該將珍貴的益生菌小心的保存在低溫中，這樣才能延長活菌的生命。同時也應盡快食用，否則讓菌數不斷的衰減，效果會變差，價格也會貶值喔！
使用益生菌療法的期間，最好不要同時服用抗生素，因為抗生素會殺死益生菌。刺激性飲料如咖啡或茶也會殺死益生菌，不可同時服用。最好不要大魚大肉，飲食中適多的蛋白質有助於壞菌生長，卻不利益生菌的繁殖。益生菌有剋星，也有它喜歡吃的食物，能促進益生菌繁殖的物 質稱為「益生素」（prebiotics），天然食物中，香蕉、洋蔥、 蘆筍、大蒜等都有促進益菌增生的作用。根據我做過的實驗，益生菌和番茄汁或其他的果汁一起飲用，有促進益生菌的活性與生長速率的作用。
益生菌是會生長的，如果你好好養護，它就會成倍數成長，得到最大的效果。其他如果寡糖（Fructo oligosaccharides），這些糖類並不會被人類所利用，卻是很好的益生素。益生菌與益生素加起來就稱為合益素 （Synbiotic）。合益素益生菌療法中是一個很重要的概念。
除了抗生素，就沒有其他的化學藥物會和益生菌產生交互作用，所以益生菌和化學藥物一起使用，並沒有什麼禁忌。一天當中什麼時間吃？飯前或飯後？都沒有什麼太大的關係，方便就好，也不會有任何副作用，只有很少數的人剛開始使用時會出現排便習慣的改變，輕微腹脹或腹瀉，但不必在意，這都是因為腸胃道的菌叢生態正在進行調整，持續使用，大概一個星期後一切就會很順暢了。
文章出處：《尋找沒有傷害的藥》
許庭源 醫師
作者
許醫師被稱為「台灣益生菌之父」，他是小兒過敏、微生物與免疫學的專家，也是 LP33 益生菌發明人。累積多年豐富臨床經驗、學術研究與對現代醫學的反省思辯，將醫療方向轉向整合醫學，尋找沒有傷害的藥與恢復人體的自癒能力，成為他治療的中心思想。著有《益生小精靈》、《尋找沒有傷害的藥》、《Sandy & Mandy的過敏筆記》等書。